O governo de Prudente de Morais, ocorrido entre 1894 e 1898, é entendido como a transição dos governos militares para os civis e também o início da hegemonia da oligarquia paulista e mineira na República Velha. Prudente de Morais conseguiu controlar as forças florianistas que ainda pretendiam se manter no poder e retirar da cena política o exército, principalmente depois de campanhas fracassadas na Guerra de Canudos (1896-1897).
A chapa pela qual Prudente de Morais foi eleito era uma aliança entre os cafeicultores paulistas, organizados no Partido Republicano Paulista (PRP), e as correntes florianistas. Essa composição mostrava a força dos paulistas, principalmente no apoio prestado a Floriano Peixoto nos momentos de crises institucionais enfrentadas pelo segundo presidente do Brasil.
Mas para garantir uma estabilidade institucional, Prudente de Morais precisou ainda conter a Revolução Federalista. Apesar de a posição dos federalistas estar naquele momento enfraquecida, o conflito só foi encerrado em agosto de 1895. Para contribuir nas negociações, Prudente de Morais concedeu anistia aos principais líderes maragatos, conseguindo encerrar de forma pacífica os conflitos no Rio Grande do Sul.
Porém, durante seu governo, uma nova campanha militar teve que ser iniciada para acabar com o arraial de Canudos, na Bahia. A Guerra de Canudos que opôs os habitantes do arraial ao exército brasileiro só teve fim após quatro expedições. Essa situação enfraqueceu fortemente o prestígio do exército, já que os habitantes de Canudos resistiram às investidas militares mesmo sem armamento similar ao que era detido pelo exército.
Nos anos de 1896 e 1897, os florianistas tencionavam ainda ascender ao poder novamente, e a ausência temporária do presidente por motivos de saúde contribuiu para a manifestação a favor desta volta dos seguidores de Floriano Peixoto, que havia morrido em 1895. No entanto, a falta de apoio impediu a ascensão deste grupo, o que fortaleceu ainda mais o poder da oligarquia paulista.
Nos aspectos da política externa, o governo Prudente de Morais reestabeleceu novamente as relações diplomáticas com Portugal, país que foi acusado de apoiar a Revolta da Armada de 1893, e também procedeu à resolução das questões das fronteiras na região das Missões, com a vizinha Argentina.
Na economia, o presidente alterou as taxas alfandegárias protecionistas, abrindo o mercado interno às importações, em um posicionamento contrário às tentativas realizadas nos governos anteriores para proteger e modernizar a economia brasileira.
Ainda nos meses finais de seu mandato, Prudente de Morais declarou estado de sítio após ter sido vítima de um atentado por um soldado, cometido em 5 de novembro 1897, durante a recepção às tropas vitoriosas em Canudos. Era o último suspiro florianista e do exército contra o governo estabelecido. A partir daí o domínio oligárquico nas instituições estatais estava garantido por no mínimo três décadas.