O embrião passa por várias etapas até estar completamente formado. Entre essas etapas está a gastrulação, que ocorre depois da segmentação e é caracterizada pela formação da gástrula. É nessa etapa que são formados os folhetos germinativos, estruturas que dão origem aos tecidos e órgãos. Os folhetos são três: ectoderme, endoderme e mesoderme. Os animais que possuem os três folhetos são chamados de triblásticos e os que possuem apenas dois são denominados diblásticos.
No final do processo de segmentação, temos a blástula, estrutura formada por uma cavidade cheia de líquido (blastocele). A partir da blástula, há a formação da gástrula, que pode ocorrer por dois processos, dependendo do tipo de ovo em questão. Nos ovos oligolécitos, a formação ocorre por embolia. Já nos heterolécitos, ocorre por epibolia.
Na gastrulação por embolia, os micrômeros dividem-se rapidamente, o que leva ao deslocamento dos macrômeros. Estes, por sua vez, são movimentados para a região central, formando assim duas camadas de células: a ectoderme e a mesentoderme. Esta última origina a endoderme e a mesoderme. À medida que ocorre a invaginação dos macrômeros, gradativamente se forma uma cavidade, que recebe o nome de arquêntero, também conhecido por intestino primitivo. É essa estrutura que origina o tubo digestório. Também é formado um orifício que se comunica com o meio externo chamado de blastóporo.
Na gastrulação por epibolia ocorre uma divisão dos micrômeros que acaba por recobrir os macrômeros. Esse tipo de gastrulação pode ser observado nos anfíbios, por exemplo. Na gastrulação desses animais, inicialmente temos uma invaginação que dá origem ao blastóporo. Após esse momento, ocorre a migração dos micrômeros para o interior da blastocele através dessa abertura, ocorrendo a formação do arquêntero.
Levando em consideração que o blastóporo é a estrutura que comunica o arquêntero com o exterior e que o arquêntero é o intestino primitivo, podemos concluir que o blastóporo dá origem à boca ou ao ânus. Dependendo da estrutura que se forma a partir do blastóporo, podemos classificar os animais em dois grupos:
- Protostômios: Animais em que o blastóporo dá origem à boca. Exemplos: Anelídeos, moluscos e artrópodes.
- Deuterostômios: Animais em que o blastóporo dá origem ao ânus. Exemplo: Equinodermos e os cordados.
