A Era Mesozoica iniciou-se há cerca de 250 milhões de anos e durou em torno de 185 milhões de anos. Ela pode ser dividida em três períodos: o Triássico, o Jurássico e o Cretáceo. A separação dos continentes e a consequente formação de novos oceanos, além do isolamento de diversas espécies, estiveram entre os principais acontecimentos dessa Era.
Na Era Mesozoica ocorreu a fragmentação do supercontinente denominado de Pangeia, isso fez com que fossem criadas várias áreas distintas. Com a fragmentação, os seres que viviam em cada uma dessas porções sofreram isolamento geográfico e reprodutivo, o que ocasionou o surgimento de novas espécies. Podemos destacar aqui que o movimento dos continentes fez com que as espécies sofressem também com a ação de novos climas, o que pode ter levado várias espécies à extinção e à especiação.
Acredita-se que os primeiros mamíferos, pequenos e insetívoros em sua maioria, surgiram no início dessa Era. Além dos mamíferos, outro grupo comum nos dias atuais surgiu nesse período. As aves provavelmente surgiram no final do Jurássico e seu representante basal teria sido o Archaeopteryx. Nos mares, a Era Mesozoica foi caracterizada por uma grande diversidade de cefalópodes e bivalves.
Foi no final da Era Mesozoica que tivemos o surgimento de um extraordinário grupo de plantas: as angiospermas. O surgimento de flores e frutos foi, sem dúvida, uma mudança extremamente significativa, pois mudou a dieta de um grande grupo de animais. Os fósseis de flores encontrados sugerem que elas eram polinizadas provavelmente por insetos, iniciando-se aí a coevolução desses dois grupos.
É importante destacar que essa Era é conhecida também como a Era dos Dinossauros, em razão da tamanha diversificação desses seres. Acredita-se que no final do Cretáceo uma grande extinção em massa causou o desaparecimento desse grupo de répteis.
Uma das hipóteses para a extinção desses animais é o desenvolvimento das angiospermas e sua expansão. Alguns autores sugerem que, em virtude da alimentação dos dinossauros herbívoros ser baseada principalmente em gimnospermas, eles não conseguiram se adaptar à nova dieta. Outras hipóteses sugerem que mamíferos atacavam ninhos dos dinossauros ou ainda que houve uma grande epidemia.
Existe ainda a teoria mais amplamente divulgada que não explica apenas a extinção dos dinossauros, e sim as diversas outras extinções que ocorreram no período. Essa se baseia no fato de que um grande asteroide atingiu o planeta, formando uma grande nuvem de poeira que demorou anos para desaparecer. Essa camada bloqueou os raios solares e isso fez com que as plantas não conseguissem realizar fotossíntese. A morte das plantas causou, consequentemente, a morte de animais. Além disso, o bloqueio da luz solar provavelmente levou a um declínio na temperatura média do planeta, afetando todos os organismos. Outra teoria sugere que a extinção ocorreu graças a diversas erupções vulcânicas, uma vez que essa Era foi marcada pelo grande vulcanismo.
Com toda a certeza, a Era Mesozoica foi uma era extremamente fascinante, com o surgimento de mamíferos, aves e angiospermas. Esses grupos foram as grandes estrelas da próxima Era, a Era Cenozoica.