O governo de Nilo Peçanha à frente da Presidência da República constituiu um pequeno período da história política brasileira, ocorrendo em junho de 1909 e novembro de 1910. Nilo Peçanha era vice-presidente de Afonso Pena, que faleceu em 14 de junho de 1909, situação que o levou a assumir a presidência. Apesar de curto, seu mandato ficou marcado pela crise entre as oligarquias de São Paulo e Minas Gerais, abalando a política do café com leite.
Fluminense de Campos, Nilo Peçanha era bacharel em direito, com uma importante participação política. Exerceu cargos parlamentares, ocupou ministérios e foi presidente do estado do Rio de Janeiro por duas vezes, a primeira entre 1903 e 1906, e a segunda entre 1914 e 1917. Participou ainda do Convênio de Taubaté, quando se constituiu a política de valorização do café, em 1906.
Mas foi a campanha eleitoral que iria escolher o seu sucessor que caracterizou seu mandato. O marechal Hermes da Fonseca, sobrinho do ex-presidente marechal Deodoro da Fonseca e ministro da Guerra do governo de Afonso Pena, lançou-se candidato à presidência da República, articulando o apoio do Partido Republicano Mineiro (PRM). Essa articulação rompia com o interesse do Partido Republicano Paulista (PRP), aliado do PRM, que não tinha interesse que outro militar ocupasse a cadeira da presidência. Essa situação levou à ruptura entre os dois partidos e à primeira crise política no mecanismo de poder das oligarquias dos dois estados.
Hermes da Fonseca conseguiu a simpatia de Nilo Peçanha, que passou a apoiá-lo em sua candidatura. Outro grande apoio de Hermes da Fonseca foi conseguido junto ao senador gaúcho Pinheiro Machado, que agregava os interesses do estado sulista, importante economicamente e eleitoralmente, com os parlamentares dos demais estados da federação. Esse conjunto de parlamentares acabou por formar o Partido Conservador Republicano, que reunia a bancada dos pequenos estados.
Para se contrapor à campanha de Hermes da Fonseca, os paulistas apoiaram o intelectual baiano Rui Barbosa. Rui Barbosa realizou o que ficou conhecido como “campanha civilista” em oposição à campanha do militar Hermes da Fonseca. Com o dinheiro dos cafeicultores paulistas, Rui Barbosa percorreu inúmeros locais do Brasil fazendo uma campanha com o intuito de angariar o voto popular. Pela primeira vez na história do país tal tipo de campanha era realizado.
Apesar dessa tentativa, a força do coronelismo acabou elegendo Hermes da Fonseca. Nilo Peçanha ainda teve que intervir junto a alguns estados para garantir a posse de presidentes de estados próximos ao governo federal, no rescaldo da campanha civilista. No Amazonas, Peçanha interviu para a manutenção do presidente de tendência civilista Antônio Bittencourt, que havia sido destituído por Sá Peixoto, vice-presidente do Amazonas, apoiado por Pinheiro Machado. Este fato levou Nilo Peçanha a romper relações políticas com Pinheiro Machado.
Nilo Peçanha ainda deu impulso ao ensino técnico-profissional no Brasil, além de reorganizar o Ministério da Agricultura. Tentou ainda voltar à presidência da República na campanha de 1921, mas acabou vencido por Artur Bernardes. Faleceu no Rio de Janeiro em 31 de Março de 1924.