O governo de Floriano Peixoto se iniciou em 1891 como uma tentativa de conciliação dos diversos interesses que o governo de Deodoro da Fonseca havia acirrado. Apesar de Floriano Peixoto conseguir articular os interesses dos principais grupos econômicos e políticos que haviam apoiado a Proclamação da República, isto só se deu após a contenção de uma série de conflitos. Com a vitória do governo federal frente aos conflitos, a República pôde se consolidar como forma de organização político-administrativa do Brasil.
Com um autoritarismo exercido dentro dos limites da constituição, Peixoto retirou da presidência dos estados os apoiadores de Deodoro da Fonseca e manteve a normalidade institucional. Mesmo que isso ferisse a autonomia dos estados da federação.
A sua permanência na presidência foi ainda contestada por setores militares, já que 13 generais exigiram, em abril de 1892, a convocação de novas eleições presidenciais. O argumento para a exigência de novas eleições era o respeito à Constituição que havia sido promulgada um ano antes, pois estabelecia que o vice assumiria o cargo de presidente apenas em caso de impedimento ou morte do titular. Floriano rebateu dizendo que sua eleição havia sido peculiar, por votação indireta, não se aplicando ao preceito constitucional invocado. Para conter a insatisfação, o presidente usou o Código Militar e afastou e prendeu os militares que o contestavam.
Floriano adotou ainda medidas paternalistas para agradar às camadas populares do Rio de Janeiro, como a criação de casas populares, a suspensão dos impostos sobre o comércio de carnes e o controle dos preços de primeira necessidade. Buscou conter a inflação e a crise do Encilhamento, principalmente através de um forte controle das contas públicas. Tentou estimular a industrialização com a abertura de créditos no Banco do Brasil e com um projeto de reforma fiscal protecionista às indústrias estabelecidas no país.
Mas os principais problemas enfrentados por Floriano foram duas revoltas que colocaram em risco seu governo e o futuro da nascente República brasileira.
O estado do Rio Grande do Sul estava envolvido em acirradas disputas políticas entre dois grupos: o Partido Republicano Rio-grandense (PRR), liderado pelo positivista Júlio de Castilhos, e o Partido Federalista, tendo a sua frente Silveira Martins. A disputa se dava em torno da forma de organização político-administrativa do estado, sendo o PRR a favor da centralização, e os federalistas contrários a ela. A partir de fevereiro de 1893, os federalistas se levantaram contra os republicanos, levando Floriano a assumir a defesa destes últimos, dando início à Revolta Federalista. O resultado foi a ampliação do conflito para o cenário nacional, expandindo-se para os estados de Santa Catarina e Paraná, levando à interferência da milícia paulista para conter os revoltosos.
Ao mesmo tempo, no Rio de Janeiro, os oficiais monarquistas da marinha pediam a renúncia de Floriano Peixoto, com o intuito de forçar uma eleição para disputarem-na com o Almirante Custódio de Melo. A resistência de Floriano ocasionou a segunda Revolta da Armada, em setembro de 1893. Segunda revolta, pois a primeira ocasionou a renúncia de Deodoro da Fonseca em 1891. Entre setembro de 1893 e março de 1894, a capital do Rio de Janeiro foi constantemente bombardeada pelos navios estacionados na Baía de Guanabara, enquanto a resistência era feita em terra pelo exército com o apoio de voluntários. O evento tomaria maiores dimensões ao se unir à Revolta Federalista e os combates tomarem conta de algumas regiões dos estados do Sul do país. Com a aquisição emergencial de novos navios estadunidenses e os combates por terra, Floriano e os grupos que o apoiavam puderam vencer os opositores e consolidar o regime republicano. Por sua vitória na contenção dos conflitos Floriano recebeu a alcunha de “Marechal de Ferro”.
Mas essa consolidação republicana se deu com uma vitória de um projeto republicano específico, o de uma República liberal, defendida principalmente pelos cafeicultores paulistas, que com a pujança da economia cafeeira, defendiam a autonomia dos estados membros da federação. Os outros dois projetos derrotados foram o republicanismo radical, que não tinha apoio social, e o republicanismo positivista, de caráter autoritário, sem respaldo da sociedade civil, sendo seu reduto alguns círculos militares.
Com o fortalecimento dos cafeicultores paulistas, Floriano Peixoto foi obrigado a apoiar o paulista Prudente de Morais à presidência em 1894. Com sua vitória com 84% dos votos, Prudente de Morais iniciava o primeiro governo presidencial eleito diretamente na história da república. Mas o controle oligárquico sobre o Estado mostrava que seria um governo autoritário, com a exclusão da maior parte da população da participação política. Era o fim da República da Espada.