O transporte hidroviário brasileiro é o que possui o menor grau de participação na economia dentre os tipos de transportes existentes no país.
As hidrovias funcionam como um importante meio de transporte. A capacidade, por exemplo, de um navio de cabotagem é equivalente a 1200 caminhões carregando o mesmo tipo de carga. Outra vantagem é o fato de o transporte hidroviário emitir um baixo índice de gases poluentes na atmosfera. No entanto, no Brasil, esse transporte é o que possui o menor grau de investimentos, graças a fatores geográficos, políticos e econômicos.
O território brasileiro apresenta uma ampla e rica rede hidrográfica, mas nem todos os rios são navegáveis. Mesmo assim, alguns deles são capazes de possibilitar o transporte por navios e barcas sem nenhum tipo de correção, com destaque para boa parte das bacias do Amazonas e do Paraguai. Alguns outros são navegáveis, mas necessitam de obras, como a construção de eclusas e dragagens.
Apesar do potencial de transporte fluvial brasileiro, como já frisamos, essa atividade é pouco desenvolvida no Brasil. Um dos argumentos para não se investir nas hidrovias é o fato de que a maioria dos rios navegáveis encontra-se distante dos grandes centros comerciais. Além disso, há o temor de que a facilidade no escoamento da produção em algumas regiões – como o norte do país – contribua para a expansão da fronteira agrícola brasileira.
No entanto, o principal motivo para o grau periférico ocupado por esse meio transporte na economia nacional é a conjuntura histórica do país, que preferiu destinar os investimentos para as rodovias e, em menor grau, para as ferrovias. Um exemplo é a rodovia Transamazônica, construída durante o governo militar e que passa quase que paralelamente ao Rio Amazonas, um dos cursos d'água com melhor navegabilidade na América do Sul.
Embora os apontamentos indiquem um histórico baixo de investimento no transporte fluvial e uma recente tendência em se retomar o desenvolvimento do transporte ferroviário, o governo federal anunciou em outubro de 2013 o Plano Hidroviário Estratégico (PHE). O objetivo é expandir a malha fluvial em até três mil quilômetros nos próximos anos e aumentar o transporte de cargas em cinco vezes até 2031. Além disso, existem outros projetos atualmente em curso para melhorar a navegação nos rios Tietê, São Francisco e Madeira.
Entre as vantagens do transporte hidroviário, podemos considerar o baixo custo dos investimentos (desde que os rios apresentem condições favoráveis, pois senão o custo das obras se elevam), a grande capacidade de carga e a possibilidade de diminuir a sobrecarga das rodovias. Entre as desvantagens estão a baixa velocidade e flexibilidade, a dependência de portos, a vulnerabilidade a variações climáticas e os eventuais impactos ambientais gerados na construção de eclusas e barragens.