As bactérias possuem grande potencial biotecnológico, sendo muito usadas na engenharia genética.
Através da técnica do DNA recombinante é possível fazer com que um organismo sintetize determinada proteína que ele não produzia, através da inserção de um gene de outro organismo produtor desta proteína. O conjunto de processos que permitem a manipulação dos genes de microrganismos é denominado engenharia genética.
As bactérias são frequentemente usadas na engenharia genética, possuindo assim grande potencial biotecnológico. O hormônio do crescimento, responsável pelo nosso crescimento, atualmente é produzido por bactérias geneticamente modificadas através da engenharia genética. Os custos nesse caso são muito menores do que a extração desse hormônio através do modelo clássico, onde se retirava o hormônio de cérebros de carneiros.
A insulina, hormônio produzido no pâncreas e utilizado no tratamento de diabetes também já é produzida por bactérias modificadas. A bactéria recebe o gene responsável pela produção de insulina em humanos e começa a produzir o hormônio. Esse processo é mais vantajoso do que a extração de insulina feita a partir de pâncreas suíno e bovino, pois possui menos rejeição.
A engenharia genética também possibilitou a produção de anticorpos monoclonais através da clonagem de genes em bactérias. Os anticorpos monoclonais são utilizados no tratamento de alguns tipos de câncer.
Apesar da sua importância, ainda há muita polêmica em torno da engenharia genética, pois inclui modificação de material genético e clonagem. Entretanto, percebe-se que esta técnica é importante, pois permite que organismos, como as bactérias, sejam reprogramados para a produção de substâncias uteis.